Das nur von dem Androiden Walter (Michael Fassbender) als aktives Crewmitglied betreute Kolonieraumschiff Covenant wird durch eine Sonneneruption beschädigt, woraufhin in einer Notweckung der Crew der Kapitän stirbt und der unsichere erste Maat Omra (Billy Crudup) widerwillig das Kommando übernimmt. Kurz darauf entdeckt die Covenant merkwürdige Signale, die von einem erdähnlichen Planeten stammen.