Dem gigantischen Labyrinth sind sie entkommen, doch das bedeutet nicht, dass die Gefahr vorbei ist für Thomas (Dylan O´Brien) und seine neugewonnenen Freunde. Denn sie sind nur scheinbar gerettet, wie sich schnell herausstellt, da auch der Leiter der unterirdischen Kaserne Janson (Aidan Gillen) ein doppeltes Spiel treibt.